Conforme a su doble carácter académico y profesional, el Programa entrega formación en investigación que, articulada al ejercicio práctico de la psicología clínica y al trabajo en salud mental, tenga en consideración los problemas encontrados por la práctica clínica y el abordaje psicológico, sobre distintos planos y según diferentes perspectivas. De este modo, el Magíster alberga tres líneas de investigación que proveen los marcos epistémicos y los dominios problemáticos para la elaboración por parte de sus estudiantes de la Tesis o AFE (Actividad Formativa Equivalente). Las Líneas de Investigación del Magíster son: